为充分发挥中央与地方共建高校特色优势学科与国家级实验教学示范中心的师资资源优势、仪器设备优势和科学研究基础的优势，促进相关专业人才培养水平的提高，南京林业大学成立中心建设工作领导小组，由学校和学院主管校长、院长及实验室的经验丰富的教授组成，配备其它相关技术人员和物资、计财、审计业务人员参与中心建设。园林实验教学中心实行校、院两级管理、中心主任负责制（见下图）。中心主任负责中心的全面工作，对校、院两级组织负责，统筹调配和使用实验教学资源和人力资源。积极探索并实施开放式管理模式，充分利用实验教学资源，采取实验室包括节假日全天候开放，使其适应“三级技能培训体系”的要求，确保创新人才培养过程中自选式、设计型、研究性实验所需的实验教学环境。创建教学实验中心与科研平台“共享式”集中管理的新模式，促进实验教学与科研相结合，为扩大研究型实验教学开拓空间。具有网络化、开放化的实验室信息化管理平台，实验开放内容、申请、基金，仪器设备、规章制度均在网上公布。中心的仪器设备、实验教学、教师队伍全部实现网络化管理，定期对这些信息进行统计分析，及时为学校和上级主管部门提供实验室运行的准确数据。中心建设和实验教学管理由学校实验设备处和学院负责。中心设立了实验工作委员会，由中心的资深教授、专家组成，负责中心发展建设规划及重大事项决策。学校对中心的维护经费以专项的形式予以拨付，经费投入足额到位，专款专用，确保了中心的正常平稳运行。